Le système de contention à biofiltre, le système le plus rentable pour traiter de grands débits d’air consiste en un réservoir réalisé avec une paroi modulaire en aluminium. Le réservoir est ensuite imperméabilisé avec une géomembrane plastique soudée sur place.
Le système où est installé le biofiltre devra être constitué par un réacteur fermé, car dans le cas contraire l’arrosage dépendrait des conditions météorologiques et la dispersion des odeurs serait très pauvre. La couverture rend possible la canalisation des émissions à travers une cheminée ainsi que la prise d’échantillons. La dispersion des odeurs est habituellement améliorée en augmentant la hauteur du point de décharge dans l’atmosphère et la vitesse de l’air.